Το Μουσείο της Αρχαίας Αγοράς στεγάζεται στο αναστηλωμένο κτήριο της Στοάς Αττάλου το οποίο χρονολογείται στο 2ο αι. π.Χ. και ήταν δώρο του βασιλιά της Περγάμου Αττάλου ΙΙ στους Αθηναίους.
Στο Μουσείο της Αρχαίας Αγοράς στεγάζονται και εκτίθενται ευρήματα που έχουν έλθει στο φως από τις αρχαιολογικές ανασκαφές που έχουν γίνει στον αρχαιολογικό χώρο της Αρχαίας Αγοράς της Αθήνας και μόνο απ’ αυτόν, που εκτείνεται δυτικά και νοτιοδυτικά του μουσείου μέχρι τον αρχαίο ναό του Ηφαίστου. Ο εκθεσιακός χώρος του Μουσείου διακρίνεται στον εσωτερικό, που περιλαμβάνει τέσσερις ενότητες-χώρους, και τον εξωτερικό αίθριο χώρο.
Το Μουσείο της Αρχαίας Αγοράς περιλαμβάνει ευρήματα των ανασκαφών της Αμερικανικής Σχολής Κλασικών Σπουδών στην Αρχαία Αγορά που χρονολογούνται από τους νεολιθικούς χρόνους μέχρι την μεταβυζαντινή εποχή και την εποχή της Τουρκοκρατίας. Η έκθεση είναι οργανωμένη σε χρονολογικές και θεματικές ενότητες και παρέχει σημαντικές πληροφορίες για τον ιδιωτικό και τον δημόσιο βίο των αρχαίων Αθηναίων.
Τα σημαντικότερα εκθέματα του Μουσείου, σχετίζονται με τις λειτουργίες του Αθηναϊκού Δημοκρατικού πολιτεύματος και χρονολογούνται στους κλασικούς, υστεροκλασικούς χρόνους. Ανάμεσα τους συγκαταλέγονται: πήλινα δημόσια μέτρα, χάλκινα επίσημα σταθμά, τμήμα μαρμάρινου κληρωτηρίου, χάλκινα δικαστικά πινάκια, μία πήλινη κλεψύδρα, χάλκινες δικαστικές ψήφοι, και όστρακα οστρακισμού με χαραγμένα τα ονόματα γνωστών στρατηγών και πολιτικών ανδρών της αρχαιότητας.
Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει μαρμάρινο ψηφισματικό ανάγλυφο με παράσταση του Δήμου και της Δημοκρατίας και χαραγμένο ψήφισμα της Εκκλησίας του Δήμου κατά της τυραννίας. Σημαντική ενότητα αποτελούν τα ερυθρόμορφα και μελανόμορφα αγγεία, πολλά έργα γνωστών αγγειογράφων και τα σκεύη καθημερινής χρήσης, οι λύχνοι τα ειδώλια και λιγοστά κοσμήματα και νομίσματα. Την έκθεση συμπληρώνουν γλυπτά μικρών διαστάσεων, τα οποία αντιγράφουν έργα γνωστών καλλιτεχνών της αρχαιότητας και μαρμάρινα εικονιστικά πορτραίτα ρωμαϊκών χρόνων.
