Στο χώρο που βρίσκεται σήμερα το Μοναστήρι του Αγίου Νεκταρίου, υπήρχε αρχικά στα χρόνια του Βυζαντίου, ένα άλλο Μοναστήρι, αφιερωμένο στην Ζωοδόχο Πηγή, στο οποίο ασκήτεψε η Οσία Αθανασία.
Αυτό το εγκαταλελειμμένο Μοναστήρι αποφάσισε ο Άγιος Νεκτάριος στα 1904 να αναστυλώσει και να στεγάσει τη Μονή της Αγίας Τριάδας. Οι εργασίες αναστύλωσης διήρκεσαν τρία χρόνια, από το 1904 έως και το 1907. Ενα χρόνο αργότερα, στα 1908, αποσύρθηκε στη Μονή ο Άγιος Νεκτάριος όταν παραιτήθηκε από την θέση του διευθυντή της Ριζαρείου.
Την νεοϊδρυθείσα Μονή στελέχωσαν ορισμένες από τις πνευματικές θυγατέρες του Αγίου Νεκταρίου με προεξέχουσα τη μοναχή Ξένη, ανέλαβε καθήκοντα ηγουμένης της Μονής.
Επειδή το μοναστήρι της Αγίας Τριάδας ήταν γυναικείο έζησε σε ένα σπιτάκι εκτός των συνόρων του μοναστηριού για 12 χρόνια (το οποίο σπιτάκι σώζεται μέχρι και σήμερα με τα προσωπικά του αντικείμενα).
Εκτός από τα πνευματικά του καθήκοντα, ο Άγιος ασχολούνταν και με τις καθημερινές εργασίες του μοναστηριού ακούραστα. Μάλιστα διόρθωνε ακόμη και τα υποδήματα των μοναζουσών και παράλληλα φρόντιζε το ποίμνιο του με κάθε τρόπο.
Ο Άγιος Νεκτάριος “κοιμήθηκε” στις 9 Νοεμβρίου του 1920, το σώμα του παρέμεινε άφθαρτο για 21 ολόκληρα χρόνια και το 1961 ανακηρύχθηκε Άγιος. Η ανακομιδή των λειψάνων του έγινε στις 3 Σεπτεμβρίου του 1963. Αυτές είναι και οι δύο ημερομηνίες εορτασμού της μονής: στις 9 Νοεμβρίου (κοίμηση Αγίου Νεκταρίου) και στις 3 Σεπτεμβρίου (ανακομιδή Ι. Λειψάνων), οπότε και συγκεντρώνονται στο Μοναστήρι χιλιάδες πιστών, προερχόμενοι από όλα τα μέρη της Ελλάδας.
Μετά την Κοίμησή του (8 Νοεμβρίου 1920) ετάφη εκεί, κάτω από την σκιά ενός πεύκου που είχε φυτέψει ο ίδιος και που υπάρχει μέχρι σήμερα. Καθημερινά, δεκάδες πιστοί προσέρχονται στον τάφο του και πολλοί υποστηρίζουν ότι έχουν ακούσει τον Θαυματουργό Άγιο, να μετακινεί ή να χτυπάει από μέσα με τη Ράβδο του, υποδηλώνοντας με τον τρόπο αυτόν τη ζωντανή Παρουσία του ανάμεσά μας, ενώ το ίδιο Θαύμα συμβαίνει και στη Μεγάλη Εκκλησία του Αγίου όπου φυλάσσεται το χέρι του.
Η Εκκλησία της Αγίας Τριάδας του Μοναστηρίου του Αγίου Νεκταρίου, βρίσκεται λίγο χαμηλότερα από το Μοναστήρι. Θεμελιώθηκε και εγκαινιάστηκε στις 2 Ιουνίου του 1908 από τον Αγιο Νεκτάριο, είναι βυζαντινού ρυθμού και έχει όμορφο ξυλόγλυπτο τέμπλο με βυζαντινές εικόνες καθώς επίσης πολλά τάματα και αφιερώματα που προέρχονται από μεγάλο αριθμό προσκυνητών.
Η εκκλησία έχει δύο ψηλά καμπαναριά και τέσσερις σειρές από παράθυρα, που για επιστέγασμα, έχουν όλα κόκκινα τόξα. Στις μέρες μας κολλητά σε αυτόν τον ναό υπάρχει ένας άλλος, αφιερωμένος στον Άγιο Νεκτάριο, και λίγο πιο εκεί βρίσκεται το εκκλησάκι με τον τάφο του Αγίου.
Το Μοναστήρι βρίσκεται στο δρόμο για την Αγία Μαρίνα, απέχει 6 περίπου χλμ. από την πόλη της Αίγινας και είναι γυναικεία Μονή στην οποία ζουν 14 μοναχές. Η Μονή ανήκει διοικητικά στην Ιερά Μητρόπολη Ύδρας, Σπετσών, Αιγίνης, Ερμιονίδος και Τροιζηνίας.
Το Μοναστήρι του Αγίου Νεκταρίου στις μέρες μας είναι ένα από τα σημαντικότερα προσκυνήματα της ορθοδοξίας, με πλήθος πιστών να το επισκέπτεται κάθε χρόνο αποτίοντας φόρο τιμής στο νεότερο Άγιο της πίστης μας.
