Ο ναός του Αγίου Ελισσαίου είναι μια μικρή και απλή μονόκλιτη βασιλική, κτισμένη επί Τουρκοκρατίας, που ανήκε στην αρχοντική Αθηναϊκή οικογένεια Χωματιανού-Λογοθέτη. Το Αρχοντικό Λογοθέτη, κτίσμα της Τουρκοκρατίας, βρίσκεται στο Μοναστηράκι της Αθήνας, απέναντι από τη Βιβλιοθήκη του Αδριανού, στην Οδό Άρεως 14. Μέσα στην αυλή της παλιάς οικίας του Λογοθέτη βρίσκεται και το εκκλησάκι του Αγίου Ελισαίου, που ανήκε στην οικογένεια.
Ο ναϊσκος του Προφήτη Ελισσαίου (στα νεότερα χρόνια πολλές φορές αναφερόμενος κι ως ναός του Αγίου Ελισσαίου) θεωρείται κτίσμα της τουρκοκρατίας, αν και δεν μπορεί να υπολογιστεί ποιας ακριβώς περιόδου (υπολογίζεται του 17ου αιώνα). Πρόκειται για απλή κατασκευή, μια απέριττη μονόκλιτη βασιλική με ξύλινη στέγη, που ανήκε στην γνωστή αθηναϊκή οικογένεια Χωματιανού-Λογοθέτη και βρισκόταν στην αυλή της αρχοντικής οικίας της οικογένειας. O ένας τοίχος του ναού στηριζόταν στο κλιμακοστάσιο του αρχοντικού, ενώ πολλά από τα δομικά υλικά του πρώτου, καθώς και του ίδιου του απέριττου διακόσμου, ήταν από διαφόρους αιώνες και αρχαιότερα μνημεία, πράγμα σύνηθες αλλά και χαρακτηριστικό για την ναοδομία της εποχής.
Ηταν στα χρόνια της γερμανικής κατοχής, μόλις που άρχιζε το καλοκαίρι του ’43, όταν ο ιδιοκτήτης του ναού, ο αντιπλοίαρχος του Πολεμικού Ναυτικού Ηρακλής Καζάκος, αποφάσισε να τον γκρεμίσει φοβούμενος πως κινδύνευε να χάσει το οικόπεδο εντος του οποίου βρισκόταν ο ναός, καθώς η Εφορεία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων ετοιμαζόταν να κηρύξει το εκκλησάκι ως διατηρητέο ιστορικό μνημείο.
Ο ναός του Αγίου Ελισσαίου τα χρόνια από το 1885 έως το 1943 έγινε «στέκι» λογοτεχνών και λογίων της εποχής. Έγινε γνωστός από τις αγρυπνίες στις οποίες συχνά ιερουργούσε ο νεοανακυρηχθείς άγιος παπα-Νικόλας Πλανάς με ψάλτες τους δύο Αλέξανδρους, τον Αλέξανδρο Παπαδιαμάντη, και τον Αλέξανδρο Μωραϊτίδη.
• Στο μικρό αυτό ναό εκκλησιάζονταν επίσης οι λόγιοι, Ζαχαρίας Παπαντωνίου, Παύλος Νιρβάνας, Γιάννης Βλαχογιάννης και άλλοι πολλοί θαυμαστές του Παπαδιαμάντη. Ο Παπαδιαμάντης πέθανε το 1911, αλλά οι αγρυπνίες συνεχίστηκαν από τον Αλέξανδρο Μωραϊτίδη, ο οποίος το 1925, τέσσερα χρόνια πριν πεθάνει, πρόλαβε και εξέδωσε την Ακολουθία του Αγίου Ελισσαίου.
• Την αναστήλωση επιχορήγησε οικονομικά το υπουργείο Πολιτισμού το 2003 και το εγχείρημα αποπερατώθηκε το 2005, οπότε και ετέθη και πάλι σε λειτουργία ο ναός. Ενώ τα τελευταία χρόνια, με πρόταση που υπεβλήθη στο υπουργείο Πολιτισμού, επετράπη η διεξαγωγή αγρυπνιών μια φορά τον μήνα. Με την απλότητα, το μικρό του μέγεθος που αναδύει αισθητική αρχοντιά και την βαρύτιμη ιστορική του παρουσία, ο Άγιος Ελισσαίος αποτελεί ένα σπουδαίο ορθόδοξο μνημείο των Αθηνών.
