Το όνομα Μακρόνησος αναφέρεται πρώτη φορά από τα μέσα του 13ου αιώνα. Στο σχήμα της οφείλεται και το αρχαίο όνομα Μάκρις και το μεταγενέστερο Μάκρη, με το οποίο είναι γνωστή τον Μεσαίωνα και μέχρι τον 20ό αιώνα. Το νησί ονομαζόταν και Ελένη, γιατί κατά την παράδοση το επισκέφτηκε κατά το ταξίδι της επιστροφής της από την Τροία.
Ιστορία έως το 1946
Στην αρχαιότητα, καθώς οι θαλάσσιες μεταφορές ήταν ταχύτερες και πρακτικότερες από τις χερσαίες, η γύρω περιοχή αποτελούσε πολυσύχναστο θαλάσσιο δρόμο. Έξι αρχαία ναυάγια έχουν εντοπιστεί γύρω από τη Μακρόνησο..
Στον Μεσαίωνα η Μακρόνησος ήταν, όπως και η Αίγινα και η Σαλαμίνα, ορμητήριο πειρατών. Ο βυζαντινός λόγιος Μιχαήλ Χωνιάτης, αναφέρει τη φτωχή μονή Αγίου Γεωργίου στη Μάκρη και μετανιώνει που δεν την είχε εκκενώσει, ώστε οι πειρατές να έχουν ένα λιγότερο λόγο που θα καθιστούσε το νησί «ενδιαίτημα». Μαρτυρία για ύπαρξη μοναχών στο νησί υπάρχει το 1675 από τον γάλλο ταξιδιώτη Guillet, ενώ πιθανόν ο σημερινός ναός του Αγίου Γεωργίου, ίσως είναι ό,τι επιβίωσε από αυτή τη μονή.
→ Το 1881 η Μακρόνησος παραχωρείται ως μεταλλείο σε μεταλλευτική εταιρεία («Ελένη»), το 1910 γίνεται έρευνα για ψευδάργυρο στο νησί και πριν τον Β´ Παγκόσμιο Πόλεμο γίνεται γεωλογική έρευνα και χαρτογράφηση από τη Γαλλική Εταιρεία Μεταλλείων Λαυρίου.
→ Τα έτη 1912-1913 στάλθηκαν στη Μακρόνησο χιλιάδες τούρκοι αιχμάλωτοι του Α´ Βαλκανικού Πολέμου. Μετά την παράδοση της Θεσσαλονίκης (26 Οκτωβρίου 1912) και των Ιωαννίνων (21 Φεβρουαρίου 1913) οι αιχμάλωτοι ήταν 26.000 και 30.000 αντίστοιχα, οι οποίοι άρχισαν να μεταφέρονται δια θαλάσσης σε 32 στρατόπεδα στη νότια Ελλάδα και σε νησιωτικές ή παραθαλάσσιες θέσεις για λόγους σχετικής απομόνωσης και μειωμένης ανάγκης φύλαξης.
→ Στις 10 Ιουνίου 1922 αποφασίζεται η μεταφορά και προσωρινή εγκατάσταση στη Μακρόνησο των προσφύγων από τον Πόντο, οι οποίοι είχαν αρχίσει να φτάνουν από την άνοιξη του ίδιου έτους στην Ελλάδα. Με την άφιξη μέσα σε μια μέρα πάνω από 8.500 περίπου προσφύγων, πολλών ασθενών και αρκετών «υπόπτων χολέρας», το λοιμοκαθαρτήριο του Αγίου Γεωργίου (της Σαλαμίνας) κρίθηκε ανεπαρκές και επικίνδυνο κοντά στην Αθήνα.
→ Το 1931 η Μακρόνησος προτείνεται ως χώρος συγκέντρωσης των κομμουνιστών. Το 1935 αναφέρεται στον Τύπο πως αποφασίστηκε να μεταφέρονται εκεί οι εκτοπιζόμενοι κομμουνιστές, για την αποφυγή του κινδύνου μετάδοσης των ιδεών τους στα νησιά του Αιγαίου.
→ Το 1948 (κατά την περίοδο «αναμόρφωσης» πολιτικών κρατουμένων) ιδρύεται η εταιρεία «Ελληνικαί Μεταλλευτικαί Επιχειρήσεις Μακρόνησος ΕΜΕΜ Α.Ε.».
1947 – 1950
Η δημιουργία των στρατοπέδων της Μακρονήσου συνδέεται με την «εκκαθάριση» του στρατού από «ύποπτους» στρατιώτες και αξιωματικούς, ώστε να διαφυλαχθεί το αξιόμαχο του Εθνικού Στρατού που πολεμούσε εκείνη την εποχή κατά του Δημοκρατικού Στρατού Ελλάδας. Με βάση πληροφορίες που συγκέντρωνε ο στρατός από τις κατά τόπους αστυνομικές αρχές, όσοι είχαν αριστερά φρονήματα ή είχαν συμμετάσχει στην εαμική Αντίσταση θεωρούνταν «ύποπτοι» και συγκεντρώθηκαν από το καλοκαίρι του 1946 σε ιδιαίτερα τάγματα.
Οι στρατιώτες του Β΄ Τάγματος ήταν οι πρώτοι που έφτασαν στη Μακρόνησο στις 28 Μαΐου 1947 και τους δύο επόμενους μήνες μεταφέρθηκαν στο νησί και τα δύο άλλα τάγματα. Γενικά, η ιστορία της Μακρονήσου ως τόπου εξορίας μπορεί να διαιρεθεί σε τρεις περιόδους:
– η πρώτη είναι η περίοδος από την ίδρυση του στρατοπέδου μέχρι την άνοιξη του 1949, κατά την οποία στο επίκεντρο της βίαιης «αναμόρφωσης» βρέθηκαν κυρίως στρατιώτες και αξιωματικοί.
– η δεύτερη είναι η περίοδος από την άνοιξη του 1949 μέχρι το καλοκαίρι του 1950, κατά την οποία συγκεντρώνεται στη Μακρόνησο ένας διαρκώς αυξανόμενος αριθμός πολιτών (προληπτικώς συλληφθέντες, άνδρες και γυναίκες πολιτικοί εξόριστοι).
– η τρίτη εκτείνεται από το καλοκαίρι του 1950 μέχρι το κλείσιμο των στρατοπέδων, όταν στη Μακρόνησο λειτουργούν οι Στρατιωτικές Φυλακές Αθηνών (ΣΦΑ) και τα στρατόπεδα μόνο για «ύποπτους» στρατιώτες, με συγκριτικά καλύτερες συνθήκες.
Ενώ τα στρατόπεδα της Μακρονήσου λειτουργούσαν από το 1947, μόνο μετά τη μαζική αποστολή των πολιτικών εξορίστων ψηφίστηκε ειδικός νόμος για τη λειτουργία των στρατοπέδων.
1951 – 1961
Η αντίστροφη μέτρηση για τα στρατόπεδα της Μακρονήσου ξεκίνησε το 1950. Ο Εμφύλιος πόλεμος είχε σταματήσει τον Αύγουστο του 1949, όμως τα στρατόπεδα της Μακρονήσου συνέχιζαν να λειτουργούν, ο αριθμός των κρατουμένων διαρκώς διογκωνόταν και οι καταγγελίες στις εφημερίδες για τις συνθήκες που επικρατούσαν εκεί πολλαπλασιάζονταν.
Το αποφασιστικό βήμα έγινε το καλοκαίρι του 1950, όταν οι χιλιάδες πολιτικοί εξόριστοι μεταφέρθηκαν από τη Μακρόνησο στον Άγιο Ευστράτιο (οι άνδρες) και το Τρίκερι (οι γυναίκες). Τα στρατόπεδα συνέχισαν να λειτουργούν μέχρι το 1957, ενώ στη συνέχεια και μέχρι τον Οκτώβριο του 1960 λειτουργούσαν μόνο οι στρατιωτικές φυλακές. Τον Φεβρουάριο του 1961 οι τελευταίοι στρατιώτες που φρουρούσαν τις εγκαταστάσεις εγκατέλειψαν τη Μακρόνησο.
1962 – σήμερα
Η χρήση της μεγαλύτερης έκτασης του νησιού από τα στρατόπεδα συνεχίστηκε έως το 1957 περίπου, ενώ μέχρι τον Οκτώβριο του 1960 λειτουργούσαν μόνο οι στρατιωτικές φυλακές, στην περιοχή των Στρατιωτικών Φυλακών Αθηνών (ΣΦΑ), όπου το Δημόσιο κατείχε έκταση περίπου 200 στρεμμάτων, πριν αυτές εγκατασταθούν στο Μπογιάτι (Άνοιξη Αττικής). Η φρουρά φύλαξης των εγκαταστάσεων (10-15 άνδρες) εγκατέλειψε το νησί τον Φεβρουάριο του 1961. Την εγκατάλειψη ακολούθησε καταστροφή, που οργανώθηκε από το Ελληνικό Δημόσιο με δημοπρασία για την αποξήλωση και την απομάκρυνση από το νησί των χρήσιμων δομικών υλικών (μαρμάρων, ξυλείας κλπ.). Παρέμειναν στο νησί μόνο μερικοί βοσκοί, που μέχρι σήμερα συνεχίζουν την ελεύθερη βοσκή των αιγοπροβάτων και λίγων βοοειδών, χρησιμοποιώντας τα κτίρια των στρατοπέδων για καταλύματα των ίδιων και των ζώων τους.
→ Στα επόμενα χρόνια επικρατεί σιωπή για το νησί και για τα όσα διαδραματίστηκαν εκεί. Ούτε καν η προπαγάνδα της δικτατορίας δεν αναφέρεται στον «αναμορφωτικό» χαρακτήρα της Μακρονήσου, παρά το γεγονός ότι οι αναφορές της στον Γράμμο και τον Εμφύλιο είναι τακτικότατες, κάτι που είναι αξιοπερίεργο και χρήζει ερμηνείας.
→ Τα πρώτα χρόνια της μεταπολίτευσης, η σιωπή για τη Μακρόνησο, ακόμα και από την πλευρά της Αριστεράς, συνεχίζεται. Μοναδική εξαίρεση αποτελεί η ταινία του Παντελή Βούλγαρη Happy Day (1976), η οποία αποτελεί την πρώτη κινηματογραφική απόπειρα περιγραφής της σκληρής καθημερινότητας στη Μακρόνησο. Μάλιστα, η ταινία βασίστηκε και στο πολύ σημαντικό φωτογραφικό αρχείο του Νίκου Μάργαρη.
→ To 1989 με απόφαση του Υπουργείου Πολιτισμού κηρύχτηκε «ολόκληρο το νησί της Μακρονήσου ιστορικός τόπος και όλα τα κτίρια των στρατοπέδων του νησιού ιστορικά διατηρητέα μνημεία».