Η ιδέα για το Εβραϊκό Μουσείο Ελλάδος γεννήθηκε στα τέλη της δεκαετίας του ’70. Η πρωτοβουλία ανήκε στην Ισραηλιτική Κοινότητα Αθηνών και ορισμένα μέλη της που προσέφεραν κάθε είδους υποστήριξη στην προσπάθεια αυτή. Το 1977 ιδρύθηκε ένα μικρό μουσείο, το οποίο στεγάστηκε προσωρινά σ’ ένα δωμάτιο δίπλα στη Συναγωγή της οδού Μελιδώνη.
Εκεί συγκεντρώθηκαν αντικείμενα που είχαν διασωθεί από τον πόλεμο, κυρίως τεχνουργήματα και έγγραφα του 19ουκαι του 20ου αιώνα, καθώς και πλήθος από θρησκευτικά σκεύη, έγγραφα και κοσμήματα. Τα τελευταία, τα οποία είχαν κατάσχει οι Βούλγαροι από τους Εβραίους της Θράκης το 1943, επιστράφηκαν και παραδόθηκαν στην Ελληνική κυβέρνηση μετά την παραίτηση του Βούλγαρου βασιλιά και την εγκαθίδρυση του κομμουνιστικού καθεστώτος.
Στα επόμενα χρόνια άρχισε μια εμπεριστατωμένη και προσεκτική συγκέντρωση υλικού από όλες τις κοινότητες της Ελλάδας, κάτω από την εμπνευσμένη καθοδήγηση του Νίκου Σταυρουλάκη, διευθυντή του Μουσείου μέχρι το 1993. Χάρη στο ενδιαφέρον αρκετών ιδιωτών, η συλλογή εμπλουτίστηκε σημαντικά με σπάνια βιβλία και εκδόσεις, υφάσματα, κοσμήματα, τελετουργικά και οικιακά σκεύη.
Σύντομα, το Εβραϊκό Μουσείο Ελλάδος άρχισε να συγκεντρώνει το ενδιαφέρον πολλών επισκεπτών από την Ελλάδα και το εξωτερικό, αλλά και επιστημόνων και δωρητών, που ήταν πρόθυμοι να συνεισφέρουν στην ανάπτυξή του. Το 1981, δημιουργήθηκε η οργάνωση «Αμερικανοί Φίλοι του Εβραϊκού Μουσείου της Ελλάδος» και, λίγο αργότερα, ιδρύθηκε, από μέλη της Ισραηλιτικής Κοινότητας Αθηνών και Θεσσαλονίκης, «Ο Σύλλογος Φίλων του Εβραϊκού Μουσείου της Ελλάδος», που από τότε διαρκώς υποστηρίζει το Μουσείο σε κάθε του πρωτοβουλία.
Ο συνεχής εμπλουτισμός του Μουσείου και η διεύρυνση των δραστηριοτήτων του, σύντομα επέβαλαν την αναζήτηση νέου χώρου για τη στέγασή του. Έτσι, το 1984, η συλλογή μεταφέρθηκε σ’ έναν νοικιασμένο όροφο στο κτίριο της Λεωφόρου Αμαλίας 36 και η έκθεση αναδιοργανώθηκε, καλύπτοντας τα κύρια θέματα που ενδιέφεραν το ευρύ και ανομοιογενές κοινό των επισκεπτών. Ύστερα από προσπάθειες ετών, το Μουσείο απέκτησε νομική υπόσταση το 1989. Από τότε λειτουργεί ως Ν.Π.Ι.Δ. που διοικείται από επταμελές Διοικητικό Συμβούλιο.
Στα χρόνια που ακολούθησαν, η δραστηριότητα του Μουσείου επεκτάθηκε σημαντικά, τόσο στον τομέα της έρευνας και μελέτης του Ελληνικού Εβραϊσμού – σε συνεργασία με άλλα ιδρύματα και επιστήμονες από την Ελλάδα και το εξωτερικό – όσο και στον τομέα των εκδόσεων. Παράλληλα, η συλλογή του συνέχισε να εμπλουτίζεται με νέα αποκτήματα από όλη την Ελλάδα, ξεπερνώντας κατά πολύ τις αρχικές προοπτικές. Οι αυξανόμενες ανάγκες του Μουσείου για νέους χώρους, αλλά και το όνειρο της απόκτησης ιδιόκτητης στέγης, οδήγησαν στην αγορά ενός διατηρητέου κτιρίου με τη συμπαράσταση των Φίλων της Ελλάδας και του εξωτερικού, αλλά και της Κοινότητας της Θεσσαλονίκης και του Κεντρικού Ισραηλιτικού Συμβουλίου.
Το κτήριο της οδού Νίκης 39 παρουσιάζει ιδιαίτερο αρχιτεκτονικό ενδιαφέρον. Δημιουργήθηκε μέσα στο κέλυφος του διατηρητέου νεοκλασικού κτηρίου, κρατώντας ανέπαφη την εξωτερική του όψη, ενώ το εσωτερικό του ανακατασκευάστηκε πλήρως, για να καλύψει τις ανάγκες ενός σύγχρονου μουσείου. Έχει τέσσερις ορόφους, οι τρεις από τους οποίους χωρίζονται σε τρία ανισόπεδα επιμέρους επίπεδα. Όλα τα επίπεδα διαρθρώνονται ακτινωτά γύρω από ένα κεντρικό οκταγωνικό οπαίο, το οποίο εκτείνεται από το υπόγειο του κτηρίου μέχρι το μικρό δώμα.
Περιγράφεται από οκτώ μεταλλικές κολώνες, γύρω από τις οποίες αναπτύσσεται και το κλιμακοστάσιο, σχηματίζοντας μια περιελισσόμενη σπείρα, η οποία δημιουργεί ανάταση με την ανοδική πορεία της.
