Η Ορχήστρα των Χρωμάτων ιδρύθηκε το 1989 από τον ίδιο τον Μάνο Χατζιδάκι, ο οποίος είχε οραματιστεί ένα επίλεκτο μουσικό σύνολο, το οποίο θα παρουσίαζε πρωτότυπα προγράμματα με συνδυασμούς έργων που συνήθως δεν καλύπτονται από συμβατικές συμφωνικές ορχήστρες.
Ο Χατζιδάκις ήθελε, τόσο η οργανωτική ευελιξία της ορχήστρας, όσο το υψηλό επίπεδο των μελών της και η προσαρμογή του αριθμού των δοκιμών στις απαιτήσεις του κάθε προγράμματος, να εγγυώνται ένα άρτιο καλλιτεχνικό αποτέλεσμα.
Αυτό που έκανε την Ορχήστρα των Χρωμάτων να ξεχωρίζει από μακριά ήταν η επιλογή ρεπερτορίου, το οποίο βρισκόταν πολύ μακριά από τα τυποποιημένα πρότυπα αφού αναδείκνυε άγνωστα αριστουργήματα του 20ού αιώνα ή νέες οπτικές γωνίες για παλαιότερες συνθέσεις του κλασικού ρεπερτορίου.
Η πρώτη συναυλία είχε δοθεί στις 23 Νοεμβρίου του 1989 στο θέατρο «Παλλάς», με το πρόγραμμα να περιλαμβάνει έργα των Vivaldi, Bach, Mozart και Brahms. Στους τέσσερις κύκλους συναυλιών που οργανώθηκαν από τον Νοέμβριο του 1989 έως τον Ιούνιο του 1993, ο Μάνος Χατζιδάκις περιέλαβε, εκτός από κλασικά έργα περισσότερο ή λιγότερο γνωστά, πολλά άγνωστα στην Ελλάδα έργα συνθετών του 20ού αιώνα.
Έντονη παρουσία είχε φυσικά και η ελληνική μουσική (Πετρίδης, Βάρβογλης, Παλλάντιος, Ξενάκης) χωρίς παράλληλα να λείψουν και οι νεότεροι δημιουργοί (Ανισέγκος, Κριτσωτάκης). Ειδικά αφιερώματα είχαν γίνει στον Μανώλη Καλομοίρη, τον Νίκο Σκαλκώτα, τον Γιάννη Χρήστου και τον Μίκη Θεοδωράκη.
Η τελευταία συναυλία που διηύθυνε ο ίδιος ο Μάνος Χατζιδάκις ήταν αυτή της 22ας Φεβρουαρίου του 1993 στο Μέγαρο Μουσικής. Το πρόγραμμα της συναυλίας περιέχει και ένα κείμενο – μανιφέστο του μεγάλου Έλληνα συνθέτη κατά του νεοναζισμού, με τίτλο «Σκέψεις και παρατηρήσεις για το αναζωογονημένο φαινόμενο του νεοναζισμού».
Τις επόμενες συναυλίες της περιόδου ’93-’94 διηύθυνε ο Μίλτος Λογιάδης, ο οποίος είχε ήδη συνεργαστεί με την Ορχήστρα από το 1991. Τα οικονομικά προβλήματα είχαν ήδη ξεκινήσει να κάνουν αισθητή την παρουσία τους.
Το 1994 η Ορχήστρα των Χρωμάτων επανιδρύθηκε ως ορχήστρα επιχορηγούμενη από το Υπουργείο Πολιτισμού.
Κάθε χρόνο διοργανώνει η ορχήστρα το διαγωνισμό διεύθυνσης ορχήστρας και σύνθεσης με την επωνυμία: Διεθνής Διαγωνισμός Δημήτρης Μητρόπουλος που αποτελεί πόλο έλξης για νέους μαέστρους και συνθέτες από όλον τον κόσμο.
Στο πρόγραμμά της περιλαμβάνει τους παρακάτω κύκλους συναυλιών:
Κύκλος Ελληνική Μουσική,
Κύκλος Μουσική και Κινηματογράφος,
Κύκλος Μουσική και Λογοτεχνία,
Συνθέτες του 20ου αιώνα.