Το Βοτανικό Μουσείο του Εθνικού Κήπου στεγάζεται στο μικρό περίπτερο της Βασίλισσας Όλγας που βρίσκεται μέσα στον Εθνικό Κήπο των Αθηνών.

Το Βοτανικό Μουσείο του Εθνικού Κήπου κατασκευάσθηκε πάνω σε σχέδια του Παναγιώτη Κάλκου. Ο αρχιτέκτονας εργάσθηκε στην υπηρεσία των ανακτόρων για την διαμόρφωση του Βασιλικού Κήπου που ξεκίνησε το 1839 με την φύτευση 15.000 καλλωπιστικών φυτών που μεταφέρθηκαν από το Μιλάνο. Επίσης φυτά και δένδρα μεταφέρθηκαν από διάφορες περιοχές της Ελλάδος, από την Ευρώπη και από χώρες της Βορείου Αφρικής.

Την επίβλεψη των βασικών εργασιών που ολοκληρώθηκαν το 1854 είχε ο Γάλλος αρχιτέκτων κήπων Λουδοβίκος Μπαρώ, με βοηθούς τον βοτανολόγο Θεόδωρο Ορφανίδη και τον Γερμανό γεωπόνο Φρειδερίκο Σμιθ. Το 1923, ο Κήπος ονομάσθηκε Εθνικός. Από το 2002, ο Εθνικός Κήπος ανήκει διοικητικά στη Διεύθυνση Πρασίνου και Περιβάλλοντος.

• Στο Βοτανικό Μουσείο εκτίθενται δείγματα των διαφορετικών ποικιλιών δένδρων, φυτών και θάμνων καθώς και ενημερωτικό υλικό σχετικά με τα είδη και την ιστορία της.